Był taki okres w historii PCK, że legalnie, w tym samym czasie działały dwa, a nawet trzy Zarządy Główne PCK.

Sytuacja taka miała miejsce w czasie II wojny światowej. W związku z tragicznymi wydarzeniami wojennymi władze MKCK podjęły bezprecedensową decyzję: po raz pierwszy zgodzono się na złamanie zasad, jakie bezwzględnie obowiązują stowarzyszeniach krajowych Czerwonego Krzyża i Czerwonego Półksiężyca, związanych z istnieniem jednego centralnego organu, który stowarzyszenie reprezentuje, współdziała z rządem, który legalnie uznaje dane stowarzyszenie krajowe Czerwonego Krzyża.

Działalność PCK do chwili wybuchu II wojny światowej była zgodna ze wszystkimi zasada­mi Międzynarodowego Czerwonego Krzyża (MCK). Sprawa skomplikowała się na jesieni 1939 r. W Warszawie działał Zarząd Główny z nowo wybranym w październiku Prezesem Wacławem Lachertem i Marią Tar­nowską jako wiceprezesem i delegatem do Krakowa. Zarząd Główny w Warszawie nie miał możliwości nawiązania kontaktu z powstałym także jesienią 1939 r. drugim Zarządem Głównym PCK w Paryżu.

W sierpniu 1939 r. prezes PCK gen. Aleksander Osiński i członek ZG PCK do spraw sto­sunków zagranicznych Anna Paszkowska udali się do Stanów Zjednoczonych i Kanady, aby prosić Polonię Amerykańską o pomoc finansową przeznaczoną na zakup niezbędnych rzeczy zbieranych przez organizację na wypadek wojny. Delegacja ta do Polski już nie powróciła. Po utworzeniu Rządu Polskiego we Francji Aleksander Osiński i Anna Paszkowska udali się do Paryża, aby tam utworzyć nowy ZG PCK. Na takie działanie w listopadzie 1939 r. wyraził zgodę MKCK. Powstanie drugiego zarządu stowarzyszenia krajowego, do tego działającego poza granicami kraju, było sprzeczne z obowiązującymi zasadami Czerwonego Krzyża. MKCK uznał jednak za najważniejszy cel działanie na rzecz ludności, udzielanie pomocy humanitar­nej, możliwość skutecznej współpracy. W 1940 roku paryski Zarząd Główny przeniósł się wraz z emigracyjnym rządem Polski do Londynu, gdzie nadal prężnie działał. Sprawy formalnoprawne pozostawiono do zakończenia działań wojennych. W okresie wojny oba Zarządy działały niezależnie od siebie i starały się osiągnąć jak najwięcej.

Sytuacja wokół PCK skomplikowała się jeszcze bardziej w 1944 r. W chwili wyzwolenia spod okupacji niemieckiej władze Okręgu Lubelskiego PCK przekształciły się w pierwszy Za­rząd Główny PCK na wyzwolonym terenie Polski. Prezesem został Ludwik Christians. Zarząd ten podlegał nadzorowi polskiego dowództwa wojskowego i czynników politycznych nowej władzy. Do jego zadań należała opieka nad ludnością cywilną, więźniami wyzwolonymi z obo­zów koncentracyjnych i obozów pracy oraz żołnierzami walczącymi z Niemcami po prawej stronie Wisły. W tym momencie istniały więc i działały aż trzy Zarządy Główne tej organizacji (w Warszawie, Londynie i Lu­blinie). Jednak Zarząd w Lublinie nie miał uznania MKCK, który stał na stanowisku, że legalnymi władzami polskiego stowarzyszenia są władze w Warszawie i Londynie. Sprawę tych dwóch zarządów miano wkrótce wyjaśnić. Kończył się bowiem okres działań wojennych, a to oznaczało dla jednego zarządu likwidację. Na początku lutego 1945 r. doszło do po­łączenia obydwu Zarządów Głównych w kraju (warszawskiego i lubelskiego). Prezesem pozostał Wacław Lachert, siedzibą nowych władz została Warszawa. Tym samym Zarząd Główny w Lublinie przestał istnieć. Po zakończeniu działań wojennych MKCK uznało warszawski Zarząd Główny za reprezentanta Polskiego Czerwonego Krzyża. Zarząd w Londynie działał poza granicami kraju, czyli nie spełniał podstawowego warunku Statutu Międzynarodowego Ruchu Czerwonego Krzyża i Czerwonego Półksiężyca. Jednocześnie z chwilą uznania Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej w Polsce, londyński Zarząd przestał spełniać kolejne kryterium, jakim jest uznanie władz swojego kraju. Zarząd Główny w Warszawie stał się jedynym organem centralnym reprezentującym stowarzyszenie krajowe Czerwonego Krzyża w Polsce.